verbalignments

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.13%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3E%3D0.20.4%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22networkx%3D%3D3.6.1%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22nump%3D%3D5.5.5.5%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22numpy%3D%3D2.4.3%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22plotly%5Bexpress%5D%3D%3D6.6.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22polars%3D%3D1.39.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22requests%3D%3D2.32.5%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22scipy%3D%3D1.17.1%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.21.1%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(%0A%20%20%20%20width%3D%22columns%22%2C%0A%20%20%20%20layout_file%3D%22data%3Aapplication%2Fjson%3Bbase64%2CewogICJ0eXBlIjogImdyaWQiLAogICJkYXRhIjogewogICAgImNvbHVtbnMiOiAyNCwKICAgICJyb3dIZWlnaHQiOiAyMCwKICAgICJtYXhXaWR0aCI6IDE0MDAsCiAgICAiYm9yZGVyZWQiOiB0cnVlLAogICAgImNlbGxzIjogWwogICAgICB7CiAgICAgICAgInBvc2l0aW9uIjogWwogICAgICAgICAgMCwKICAgICAgICAgIDAsCiAgICAgICAgICA0LAogICAgICAgICAgMgogICAgICAgIF0KICAgICAgfSwKICAgICAgewogICAgICAgICJwb3NpdGlvbiI6IFsKICAgICAgICAgIDUsCiAgICAgICAgICAwLAogICAgICAgICAgMTAsCiAgICAgICAgICAyCiAgICAgICAgXQogICAgICB9LAogICAgICB7CiAgICAgICAgInBvc2l0aW9uIjogWwogICAgICAgICAgMCwKICAgICAgICAgIDIsCiAgICAgICAgICAyNCwKICAgICAgICAgIDQKICAgICAgICBdCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBbCiAgICAgICAgICAxLAogICAgICAgICAgNiwKICAgICAgICAgIDIyLAogICAgICAgICAgODQKICAgICAgICBdCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0sCiAgICAgIHsKICAgICAgICAicG9zaXRpb24iOiBudWxsCiAgICAgIH0KICAgIF0KICB9Cn0%3D%22%2C%0A)%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D0%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(versioninfo)%3A%0A%20%20%20%20versioninfo%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo%2C%20versioninfo)%3A%0A%20%20%20%20versiondisplay%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20versioninfo.value%20is%20True%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20versiondisplay%20%3D%20mo.md(f%22%22%22*Notebook%20version*%3A%20**0.2.0**%20(Mar.%2014%2C%202026)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20versiondisplay%20%20%20%20%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Complutensian%20Bible%2C%20*Genesis*%3A%20alignments%20of%20verbal%20forms%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(complutensian_alignment_app)%3A%0A%20%20%20%20complutensian_alignment_app%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20spacer%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D1%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Overview%20tab%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23hotspottab%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Tab%20assembly%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(hotspotvstack%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20hotspottab%20%3D%20mo.vstack(hotspotvstack)%0A%20%20%20%20return%20(hotspottab%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20avg_barplot%2C%0A%20%20%20%20bar_or_line%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20numtodisplay%2C%0A%20%20%20%20ovtabdict%2C%0A%20%20%20%20summary_select%2C%0A%20%20%20%20summarysort%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20hotspotvstack%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md('%23%23%20Overview%20of%20alignments%3A%20translation%20%22hot%20spots%22')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7Bsummary_select%7D%20%7Bsummarysort%7D%20%7Bnumtodisplay%7D%20%7Bbar_or_line%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20if%20avg_barplot%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hotspotvstack.append(mo.ui.tabs(ovtabdict))%0A%0A%0A%20%20%20%20return%20(hotspotvstack%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(avg_barplot%2C%20avg_lineplot%2C%20bar_or_line%2C%20top_barplot%2C%20top_lineplot)%3A%0A%20%20%20%20ovtabdict%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20if%20avg_barplot%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20bar_or_line.value%20%3D%3D%20%22bar%20plot%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ovtabdict%5B%22Average%20alignments%20by%20language%22%5D%20%3D%20avg_barplot%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ovtabdict%5B%22Average%20alignments%20by%20language%22%5D%20%3D%20avg_lineplot%0A%0A%20%20%20%20if%20top_barplot%3A%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20bar_or_line.value%20%3D%3D%20%22bar%20plot%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ovtabdict%5B%22Top%20alignment%20by%20language%22%5D%20%3D%20top_barplot%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ovtabdict%5B%22Top%20alignment%20by%20language%22%5D%20%3D%20top_lineplot%0A%20%20%20%20return%20(ovtabdict%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Compute%20pairings%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pl)%3A%0A%0A%20%20%20%20def%20score_pair_directed(df%2C%20col1%2C%20col2)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Score%20alignments%20between%20two%20columns%20in%20the%20DataFrame.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Arguments%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20Polars%20DataFrame%20containing%20the%20data.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20col1%3A%20Name%20of%20the%20first%20column%20to%20compare.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20col2%3A%20Name%20of%20the%20second%20column%20to%20compare.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20A%20Polars%20DataFrame%20with%20the%20normalized%20scores%20of%20non-null%20alignments%20between%20the%20two%20columns%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23xtab%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20df.filter(pl.col(col1).is_not_null()%20%26%20pl.col(col2).is_not_null())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xtab%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df.filter(pl.col(col1).is_not_null())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.group_by(%5Bcol1%2C%20col2%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.len()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort(%5Bcol1%2C%20%22len%22%5D%2C%20descending%3D%5BFalse%2C%20True%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(%22Xtab%20computed%3A%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scoresdf%20%3D%20xtab.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(pl.col(%22len%22)%20%2F%20pl.col(%22len%22).sum().over(col1)).alias(%22scores%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20scoresdf%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20score_pair_two_way(scores%2C%20col1%2C%20col2)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scores1%20%3D%20score_pair_directed(scores%2C%20col1%2C%20col2)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scores2%20%3D%20score_pair_directed(scores%2C%20col2%2C%20col1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20two_way%20%3D%20scores1.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scores2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D%5Bcol1%2C%20col2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20how%20%3D%20%22outer%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20suffix%3D%22_rev%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).fill_null(0).with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20((pl.col(%22scores%22)%20%2B%20pl.col(%22scores_rev%22))%20%2F%202).alias(%22average_score%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20two_way%0A%0A%0A%20%20%20%20return%20(score_pair_two_way%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20UI%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20bar_or_line%20%3D%20mo.ui.dropdown(%5B%22bar%20plot%22%2C%22line%20plot%22%5D%2C%20value%3D%22line%20plot%22%2Clabel%3D%22*Plot%20as*%22)%0A%20%20%20%20return%20(bar_or_line%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20summary_options)%3A%0A%20%20%20%20summary_select%20%3D%20mo.ui.multiselect(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dsummary_options%2C%20label%3D%22*Compare%20with*%3A%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(summary_select%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20summary_options%20%3D%20%7B%22lxx%22%3A%20'greek'%2C%20%22vulgate%22%3A%20'latin'%2C%20%22onkelos%22%3A%20'aramaic'%7D%20%23%20%5Bv%20for%20v%20in%20versions_menu.values()%20if%20v%20!%3D%20refversion.value%5D%0A%20%20%20%20return%20(summary_options%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alignment_counts%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20numtodisplay%20%3D%20mo.ui.slider(start%3D5%2Cstep%3D1%2Cstop%3Dlen(alignment_counts)%2Clabel%3D%22*Terms%20to%20display*%22%2Cdebounce%3DTrue%2Cshow_value%3DTrue%2Cvalue%3D20)%0A%20%20%20%20return%20(numtodisplay%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20summarysort%20%3D%20mo.ui.dropdown(%7B%22Number%20of%20aligned%20terms%22%20%3A%20%22total_avg%22%2C%20%22Coverage%20of%20top%20aligned%20term%22%3A%20%22top_term%22%2C%20%22Frequency%20of%20Hebrew%20lemma%22%3A%20%22hebrew_count%22%7D%2Cvalue%3D%22Frequency%20of%20Hebrew%20lemma%22%2Clabel%3D%22*Sort%20by*%22)%0A%20%20%20%20return%20(summarysort%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Plotting%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Total%20series%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(n_langs)%3A%0A%20%20%20%20n_langs%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alignment_counts%2C%20numtodisplay%2C%20pl%2C%20summary_select%2C%20summarysort)%3A%0A%20%20%20%20if%20not%20summary_select.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_plot_df%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_x_vals%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_langs%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_langs%20%3D%20summary_select.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_langs%20%3D%20len(summary_langs)%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20alignment_counts.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(pl.col(f%22%7Blang%7D_forms%22)%20%2F%20pl.col(%22hebrew_count%22)).alias(f%22%7Blang%7D_avg_alignment%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20lang%20in%20summary_langs%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(pl.col(f%22%7Blang%7D_top%22)%20%2F%20pl.col(%22hebrew_count%22)).alias(f%22%7Blang%7D_top_alignment%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20lang%20in%20summary_langs%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sum(pl.col(f%22%7Blang%7D_forms%22)%20for%20lang%20in%20summary_langs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%20(pl.col(%22hebrew_count%22)%20*%20n_langs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).alias(%22total_avg%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sum(pl.col(f%22%7Blang%7D_top%22)%20for%20lang%20in%20summary_langs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%20(pl.col(%22hebrew_count%22)%20*%20n_langs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).alias(%22total_top%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20summarysort.value%20and%20summarysort.value%20in%20_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df.sort(summarysort.value%2C%20descending%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_plot_df%20%3D%20_df.head(numtodisplay.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_x_vals%20%3D%20summary_plot_df%5B%22hebrew_lemma_stripped%22%5D.to_list()%0A%20%20%20%20return%20n_langs%2C%20summary_langs%2C%20summary_plot_df%2C%20summary_x_vals%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(n_langs)%3A%0A%20%20%20%20n_langs%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20n_langs%2C%20summary_langs%2C%20summary_plot_df%2C%20summary_x_vals)%3A%0A%20%20%20%20if%20summary_plot_df%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_barplot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_lineplot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_langs%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20avg_cols%20%3D%20%5Bf%22%7Blang%7D_avg_alignment%22%20for%20lang%20in%20summary_langs%5D%20%2B%20%5B%22total_avg%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20avg_cols%20%3D%20%5Bf%22%7Blang%7D_avg_alignment%22%20for%20lang%20in%20summary_langs%5D%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_barplot%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_lineplot%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_col%20in%20avg_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20avg_barplot.add_bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dsummary_x_vals%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dsummary_plot_df%5B_col%5D.to_list()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D_col%2C%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20avg_lineplot.add_scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dsummary_x_vals%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dsummary_plot_df%5B_col%5D.to_list()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D_col%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D%22lines%2Bmarkers%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_barplot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D%22group%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D%22Hebrew%20lemma%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D%22Normalized%20alignment%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Average%20alignment%20by%20language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20avg_lineplot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D%22Hebrew%20lemma%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D%22Normalized%20alignment%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Average%20alignment%20by%20language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D%22x%20unified%22%20%23%20Optional%3A%20makes%20it%20easier%20to%20compare%20lines%20on%20hover%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20avg_barplot%2C%20avg_lineplot%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20n_langs%2C%20summary_langs%2C%20summary_plot_df%2C%20summary_x_vals)%3A%0A%20%20%20%20if%20summary_plot_df%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_barplot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_lineplot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_langs%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20top_cols%20%3D%20%5Bf%22%7Blang%7D_top_alignment%22%20for%20lang%20in%20summary_langs%5D%20%2B%20%5B%22total_top%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20top_cols%20%3D%20%5Bf%22%7Blang%7D_top_alignment%22%20for%20lang%20in%20summary_langs%5D%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_barplot%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_lineplot%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_col%20in%20top_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20top_barplot.add_bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dsummary_x_vals%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dsummary_plot_df%5B_col%5D.to_list()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D_col%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20top_lineplot.add_scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dsummary_x_vals%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dsummary_plot_df%5B_col%5D.to_list()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D_col%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D%22lines%2Bmarkers%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_barplot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D%22group%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D%22Hebrew%20lemma%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D%22Normalized%20alignment%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Top-term%20alignment%20by%20language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_lineplot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D%22Hebrew%20lemma%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D%22Normalized%20alignment%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Top-term%20alignment%20by%20language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D%22x%20unified%22%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20top_barplot%2C%20top_lineplot%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Imports%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D2%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20App%20assembly%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20App%20UI%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20versioninfo%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22*See%20version%20info*%22)%0A%20%20%20%20return%20(versioninfo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(graphtab%2C%20hotspottab%2C%20mo%2C%20wordquerytab)%3A%0A%20%20%20%20complutensian_alignment_app%20%3D%20mo.ui.tabs(%7B%20%22Overview%22%3A%20hotspottab%2C%20%22Individual%20terms%22%3A%20wordquerytab%2C%20%22Network%20visualization%22%3A%20graphtab%7D)%0A%20%20%20%20return%20(complutensian_alignment_app%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Loading%20data%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20srcpath%3D%20mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%22%20%2F%20%22genesis-verbs-numbered.cex%22%0A%20%20%20%20return%20(srcpath%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(unicodedata)%3A%0A%20%20%20%20def%20strip_to_alphabetic(value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Keep%20alphabetic%20characters%20only%20(drops%20niqqud%20and%20other%20marks).%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20value%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20normalized%20%3D%20unicodedata.normalize(%22NFKD%22%2C%20value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22.join(ch%20for%20ch%20in%20normalized%20if%20ch.isalpha())%0A%0A%20%20%20%20return%20(strip_to_alphabetic%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pl%2C%20srcpath%2C%20strip_to_alphabetic)%3A%0A%20%20%20%20%23lastmodstamp%20%3D%20os.path.getmtime(srcpath)%0A%20%20%20%20%23lastmod%20%3D%20datetime.datetime.fromtimestamp(lastmodstamp).strftime('%25Y-%25m-%25d%20%25H%3A%25M%3A%25S')%0A%20%20%20%20df%20%3D%20pl.read_csv(str(srcpath)%2C%20%20separator%20%3D%20%22%7C%22%2C%20truncate_ragged_lines%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20strip_targets%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22hebrew_lemma%22%2C%20%22hebrew_lemma_stripped%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22latin_lemma%22%2C%20%22latin_lemma_stripped%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22greek_lemma%22%2C%20%22greek_lemma_stripped%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22aramaic_lemma%22%2C%20%22aramaic_lemma_stripped%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20strip_exprs%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(source)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.map_elements(strip_to_alphabetic%2C%20return_dtype%3Dpl.Utf8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(target)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20source%2C%20target%20in%20strip_targets%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20source%20in%20df.columns%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20if%20strip_exprs%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20df.with_columns(strip_exprs)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Imports%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20polars%20as%20pl%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20os%0A%0A%20%20%20%20import%20plotly.express%20as%20px%0A%20%20%20%20import%20plotly.graph_objects%20as%20go%0A%20%20%20%20import%20datetime%0A%0A%20%20%20%20import%20unicodedata%0A%0A%20%20%20%20return%20go%2C%20pl%2C%20px%2C%20unicodedata%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20networkx%20as%20nx%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20scipy%20as%20sp%0A%0A%0A%20%20%20%20return%20np%2C%20nx%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D3%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Individual%20lexemes%20tab%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23wordquerytab%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Tab%20assembly%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20workquerytabstack)%3A%0A%20%20%20%20wordquerytab%20%3D%20mo.vstack(workquerytabstack)%0A%20%20%20%20return%20(wordquerytab%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cluster_plot%2C%20mo%2C%20querystack%2C%20searchguide%2C%20stacked_by_column_plot)%3A%0A%20%20%20%20workquerytabstack%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Explore%20individual%20word%20alignments%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20searchguide%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20querystack%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20if%20stacked_by_column_plot%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20workquerytabstack.append(stacked_by_column_plot)%0A%0A%20%20%20%20if%20cluster_plot%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20workquerytabstack.append(cluster_plot)%0A%20%20%20%20return%20(workquerytabstack%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20searchguide%3Dmo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20admonition%20%7C%20How%20to%20find%20alignments%0A%20%20%20%20Choose%20a%20text%20version%20(reference%20version)%2C%20a%20vocabulary%20item%20(lexeme)%2C%20and%20then%20choose%20one%20or%20more%20texts%20to%20find%20alignments%20in.%0A%0A%20%20%20%20Optionally%2C%20limit%20the%20number%20of%20items%20to%20display%20in%20the%20barchart.%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(searchguide%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cf_select%2C%20lemma%2C%20mo%2C%20plotlimit%2C%20refversion)%3A%0A%20%20%20%20queryvstack%20%3D%20%5Bmo.hstack(%5Brefversion%2C%20lemma%2C%20cf_select%5D%2C%20justify%3D%22center%22)%5D%0A%20%20%20%20if%20plotlimit%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20queryvstack.append(plotlimit)%0A%20%20%20%20return%20(queryvstack%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20queryvstack)%3A%0A%20%20%20%20querystack%20%3D%20mo.vstack(queryvstack%2C%20justify%3D%22center%22)%0A%20%20%20%20return%20(querystack%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20UI%20and%20computation%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Language%20choices%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20versions_menu)%3A%0A%20%20%20%20refversion%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dversions_menu%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22*Reference%20version*%3A%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(refversion%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20versions_menu%20%3D%20%7B%22Greek%20Septuagint%20(lxx)%22%3A%20%22lxx%22%2C%20%22Latin%20Vulgate%20(vulgate)%22%3A%20%22vulgate%22%2C%20%22Masoretic%20Hebrew%20(masoretic)%22%3A%20%22masoretic%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Aramaic%20Targum%20Onkelos%20(onkelos)%22%3A%20%22onkelos%22%7D%0A%20%20%20%20return%20(versions_menu%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(refversion%2C%20versions_menu)%3A%0A%20%20%20%20cf_options%20%3D%20%5Bv%20for%20v%20in%20versions_menu.values()%20if%20v%20!%3D%20refversion.value%5D%0A%20%20%20%20return%20(cf_options%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cf_options%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20cf_select%20%3D%20mo.ui.multiselect(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dcf_options%2C%20label%3D%22*Compare%20with*%3A%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(cf_select%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20lemmasortbycount%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22*Sort%20vocabulary%20menu%20by%20count*%22%2Cvalue%3DTrue)%0A%20%20%20%20return%20(lemmasortbycount%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(counts_df%2C%20lemmacounts%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20if%20counts_df%20is%20not%20None%20and%20lemmacounts%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotlimit%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3Dlen(lemmacounts)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dlen(lemmacounts)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22*Number%20of%20items%20to%20plot*%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotlimit%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(plotlimit%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cf_options)%3A%0A%20%20%20%20cf_columns%20%3D%20%5Bfind_lemma_col(item)%20for%20item%20in%20cf_options%5D%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cf_select)%3A%0A%20%20%20%20selected_columns%20%3D%20%5Bfind_lemma_col(item)%20for%20item%20in%20cf_select.value%5D%0A%20%20%20%20return%20(selected_columns%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Vocabulary%20choices%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(refversion)%3A%0A%20%20%20%20if%20refversion.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lemmacol%20%3D%20find_lemma_col(refversion.value)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lemmacol%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20return%20(lemmacol%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20lemmacol%2C%20lemmasortbycount%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20%23%201.%20Calculate%20counts%20and%20unnest%20into%20a%20flat%20structure%0A%20%20%20%20%23%20'sort%3DTrue'%20puts%20the%20most%20frequent%20values%20first%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%20and%20lemmacol%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20counts_df%20%3D%20df.select(pl.col(lemmacol).value_counts(sort%3Dlemmasortbycount.value)).unnest(lemmacol).drop_nulls()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20lemmasortbycount.value%20%3D%3D%20True%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vocab%20%3D%20counts_df%5Blemmacol%5D.to_list()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vocab%20%3D%20counts_df%5Blemmacol%5D.to_list()%23.sort()%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20counts_df%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vocab%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20return%20counts_df%2C%20vocab%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20vocab)%3A%0A%20%20%20%20lemma%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dvocab%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22*Lexeme*%3A%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(lemma%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Data%20selection%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20find_lemma_col(versionstring)%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Get%20name%20of%20lemma%20column%20for%20selected%20version%20of%20the%20text.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20versionstring%20%3D%3D%20%22lxx%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22greek_lemma_stripped%22%0A%20%20%20%20elif%20versionstring%20%3D%3D%20%22vulgate%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22latin_lemma_stripped%22%0A%20%20%20%20elif%20versionstring%20%3D%3D%20%22masoretic%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22hebrew_lemma_stripped%22%0A%20%20%20%20elif%20versionstring%20%3D%3D%20%22onkelos%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22aramaic_lemma_stripped%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20lemma%2C%20lemmacol%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20if%20lemma.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20aligns%20%3D%20df.filter(pl.col(lemmacol)%20%3D%3D%20lemma.value)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20aligns%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(aligns%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20base%20%3D%20df.filter(pl.col(%22hebrew_lemma_stripped%22).is_not_null())%0A%0A%20%20%20%20alignment_counts%20%3D%20base.group_by(%22hebrew_lemma_stripped%22).agg(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.len().alias(%22hebrew_count%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22greek_lemma_stripped%22).drop_nulls().n_unique().alias(%22greek_forms%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22latin_lemma_stripped%22).drop_nulls().n_unique().alias(%22latin_forms%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22aramaic_lemma_stripped%22).drop_nulls().n_unique().alias(%22aramaic_forms%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20for%20lang%20in%20%5B%22greek%22%2C%20%22latin%22%2C%20%22aramaic%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lemma_col%20%3D%20f%22%7Blang%7D_lemma_stripped%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_counts%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20base%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.filter(pl.col(lemma_col).is_not_null())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.group_by(%5B%22hebrew_lemma_stripped%22%2C%20lemma_col%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.len(name%3D%22_n%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.group_by(%22hebrew_lemma_stripped%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(pl.max(%22_n%22).alias(f%22%7Blang%7D_top%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alignment_counts%20%3D%20alignment_counts.join(top_counts%2C%20on%3D%22hebrew_lemma_stripped%22%2C%20how%3D%22left%22)%0A%0A%20%20%20%20alignment_counts%20%3D%20alignment_counts.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22hebrew_count%22).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22greek_forms%22).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22latin_forms%22).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22aramaic_forms%22).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22greek_top%22).fill_null(0).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22latin_top%22).fill_null(0).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22aramaic_top%22).fill_null(0).cast(pl.Int64)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(alignment_counts%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Plotting%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Plot%20groupings%20of%20aligned%20terms%3A%20creates%20%60cluster_plot%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(aligns%2C%20selected_columns)%3A%0A%20%20%20%20if%20aligns%20is%20not%20None%20and%20selected_columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lemmacounts%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20aligns.group_by(selected_columns)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.len(name%3D%22count%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort(%22count%22%2C%20descending%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lemmacounts%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(lemmacounts%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(lemma%2C%20lemmacounts%2C%20pl%2C%20plotlimit%2C%20px)%3A%0A%20%20%20%20if%20lemmacounts%20is%20not%20None%20and%20plotlimit%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20all%20columns%20except%20'count'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label_cols%20%3D%20%5Bcol%20for%20col%20in%20lemmacounts.columns%20if%20col%20!%3D%20%22count%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20labels%20by%20concatenating%20columns%20with%20spaces%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20lemmacounts.head(plotlimit.value).with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Dpl.concat_str(label_cols%2C%20separator%3D%22%20%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20langlist%20%3D%20%22%2C%20%22.join(%5Bs.removesuffix(%22_lemma_stripped%22).title()%20for%20s%20in%20label_cols%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20bar%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cluster_plot%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D%22label%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D%22count%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%22label%22%3A%20%22%22%2C%20%22count%22%3A%20%22Count%22%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df%22Alignments%20of%20%7Blanglist%7D%20with%20%7Blemma.value%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Rotate%20x-axis%20labels%20to%2045%20degrees%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cluster_plot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_tickangle%3D-45%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cluster_plot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label_cols%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20return%20cluster_plot%2C%20label_cols%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Stacked%3A%20generates%20%60stacked_by_column_plot%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(aligns%2C%20go%2C%20label_cols%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20if%20aligns%20is%20not%20None%20and%20label_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_counts_parts%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20col%20in%20label_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20col%20in%20aligns.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20counts%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20aligns.group_by(col)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.len(name%3D%22count%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort(%22count%22%2C%20descending%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.drop_nulls(col)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(%7Bcol%3A%20%22value%22%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.with_columns(pl.lit(col).alias(%22language%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_counts_parts.append(counts)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20stacked_counts_parts%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_counts%20%3D%20pl.concat(stacked_counts_parts%2C%20how%3D%22vertical_relaxed%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_by_column_plot%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20seen_values%20%3D%20set()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20col%20in%20label_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20col%20not%20in%20stacked_counts.get_column(%22language%22).unique().to_list()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20col_rows%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_counts%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.filter(pl.col(%22language%22)%20%3D%3D%20col)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort(%22count%22%2C%20descending%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20col_rows.iter_rows(named%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value_label%20%3D%20str(row%5B%22value%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_by_column_plot.add_bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D%5Bcol%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D%5Brow%5B%22count%22%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3Dvalue_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3Dvalue_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3Dvalue_label%20not%20in%20seen_values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Language%3A%20%7Bcol%7D%3Cbr%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Value%3A%20%7Bvalue_label%7D%3Cbr%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Count%3A%20%25%7By%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20seen_values.add(value_label)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_by_column_plot.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D%22stack%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D%22Language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D%22Count%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Corresponding%20terms%20by%20language%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D550%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_by_column_plot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stacked_by_column_plot%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(stacked_by_column_plot%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D4%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Network%20viz%20tab%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23graphtab%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Tab%20assembly%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(fig%2C%20graphguide%2C%20graphstack%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20graphtab%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20graphguide%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20graphstack%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20(graphtab%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20UI%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20threshold_slider%20%3D%20mo.ui.slider(start%3D0%2C%20stop%3D100%2C%20step%3D5%2C%20value%3D75%2C%20label%3D%22*Cut-off%20percentage*%22)%0A%20%20%20%20return%20(threshold_slider%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20subgr_gk_lat%2C%20threshold_slider)%3A%0A%20%20%20%20graphstack%20%3D%20mo.hstack(%5B%20threshold_slider%2C%20mo.md(f%22**Selected%20nodes**%3A%20%7Bsubgr_gk_lat.number_of_nodes()%7D%2C%20**Selected%20edges**%3A%20%7Bsubgr_gk_lat.number_of_edges()%7D%22)%5D%2C%20justify%3D%22center%22)%0A%20%20%20%20return%20(graphstack%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20graphguide%3Dmo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20**Choose%20a%20value%20for%20cut-off%20percentage**.%20The%20graph%20display%20will%20show%20relations%20of%20all%20nodes%20with%20connections%20stronger%20than%20your%20cut-off%20point.%0A%0A%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20attention%20%7C%20Note%0A%0A%20%20%20%20*You%20will%20need%20to%20set%20the%20cut-off%20percentage%20at%20least%20once%20for%20the%20graph%20to%20display*.%0A%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(graphguide%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Graph%20building%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(gk_lat)%3A%0A%20%20%20%20gk_lat%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20score_pair_two_way)%3A%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gk_lat_clean%20%3D%20df.drop_nulls(subset%3D%5B%22greek_lemma_stripped%22%2C%20%22latin_lemma_stripped%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gk_lat%20%3D%20score_pair_two_way(gk_lat_clean%2C%20%22greek_lemma_stripped%22%2C%20%22latin_lemma_stripped%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gk_lat%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(gk_lat%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(nx)%3A%0A%20%20%20%20gk_lat_gr%20%3D%20nx.Graph()%20%20%23%20Undirected%0A%20%20%20%20return%20(gk_lat_gr%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(gk_lat%2C%20gk_lat_gr)%3A%0A%20%20%20%20if%20gk_lat%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gk_lat_gr.add_weighted_edges_from(gk_lat.select(%5B%22greek_lemma_stripped%22%2C%20%22latin_lemma_stripped%22%2C%20%22average_score%22%5D).iter_rows())%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_significant_subgraph%2C%20gk_lat_gr%2C%20threshold_slider)%3A%0A%20%20%20%20if%20gk_lat_gr%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subgr_gk_lat%20%3D%20get_significant_subgraph(gk_lat_gr%2C%20threshold_slider.value)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subgr_gk_lat%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(subgr_gk_lat%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(subgr_gk_lat)%3A%0A%20%20%20%20subgr_gk_lat.number_of_nodes()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np%2C%20nx)%3A%0A%20%20%20%20def%20get_significant_subgraph(G%2C%20weight_percentile)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Calculate%20weight%20threshold%0A%20%20%20%20%20%20%20%20weights%20%3D%20%5Bd%5B'weight'%5D%20for%20u%2C%20v%2C%20d%20in%20G.edges(data%3DTrue)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23weights%20are%200.0%3A1.0%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20empty%20graph%20or%20no%20edges%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(weights)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20nx.Graph()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20q%20%3D%20np.percentile(weights%2C%20weight_percentile)%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Filter%20edges%20and%20the%20resulting%20induced%20nodes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strong_edges%20%3D%20%5B(u%2C%20v%2C%20d)%20for%20u%2C%20v%2C%20d%20in%20G.edges(data%3DTrue)%20if%20d%5B'weight'%5D%20%3E%3D%20q%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20H%20%3D%20nx.Graph()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20H.add_edges_from(strong_edges)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(f%22H%20has%20%7BH.number_of_edges()%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Optionally%3A%20Keep%20only%20the%20largest%20connected%20component%20to%20remove%20isolates%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(H)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20main_comp%20%3D%20max(nx.connected_components(H)%2C%20key%3Dlen)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20H%20%3D%20H.subgraph(main_comp).copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(f%22adjusted%20H%20has%20%7BH.number_of_edges()%7D%20edges%20for%20%7BH.number_of_nodes()%7D%20nodes%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20H%0A%0A%20%20%20%20return%20(get_significant_subgraph%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(gk_lat_gr%2C%20mo%2C%20threshold_slider)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20admonition%20%7C%20*Debugging*%0A%20%20%20%20In%20Greek-Latin%20graph%3A%20**total%20nodes**%3A%20%7Bgk_lat_gr.number_of_nodes()%7D%2C%20**total%20edges**%3A%20%7Bgk_lat_gr.number_of_edges()%7D%0A%0A%20%20%20%20Percentage%20**cut%20off**%3A%20%7Bthreshold_slider.value%7D%0A%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Graph%20plotting%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(nx%2C%20subgr_gk_lat)%3A%0A%20%20%20%20gk_lat_pos%20%3D%20nx.spring_layout(subgr_gk_lat)%0A%20%20%20%20return%20(gk_lat_pos%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20gk_lat_pos%2C%20go%2C%20subgr_gk_lat)%3A%0A%20%20%20%20gl_edge_x%2C%20gl_edge_y%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20u%2C%20v%20in%20subgr_gk_lat.edges()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x0%2C%20y0%20%3D%20gk_lat_pos%5Bu%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x1%2C%20y1%20%3D%20gk_lat_pos%5Bv%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gl_edge_x.extend(%5Bx0%2C%20x1%2C%20None%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gl_edge_y.extend(%5By0%2C%20y1%2C%20None%5D)%0A%20%20%20%20gl_edge_trace%20%3D%20go.Scatter(x%3Dgl_edge_x%2C%20y%3Dgl_edge_y%2C%20line%3Ddict(width%3D0.5%2C%20color%3D'%23888')%2C%20mode%3D'lines'%2C%20showlegend%3DFalse)%0A%20%20%20%20gl_node_x%20%3D%20%5Bgk_lat_pos%5Bnode%5D%5B0%5D%20for%20node%20in%20subgr_gk_lat.nodes()%5D%0A%20%20%20%20gl_node_y%20%3D%20%5Bgk_lat_pos%5Bnode%5D%5B1%5D%20for%20node%20in%20subgr_gk_lat.nodes()%5D%0A%20%20%20%20gl_node_labels%20%3D%20list(subgr_gk_lat.nodes())%0A%0A%20%20%20%20greek_nodes%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20latin_nodes%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22greek_lemma%22%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20greek_nodes%20%3D%20set(df%5B%22greek_lemma%22%5D.drop_nulls().to_list())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22latin_lemma%22%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20latin_nodes%20%3D%20set(df%5B%22latin_lemma%22%5D.drop_nulls().to_list())%0A%0A%20%20%20%20gl_node_colors%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20node%20in%20gl_node_labels%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20in_greek%20%3D%20node%20in%20greek_nodes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20in_latin%20%3D%20node%20in%20latin_nodes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20in_greek%20and%20in_latin%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gl_node_colors.append(%22%239467bd%22)%20%20%23%20both%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20in_greek%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gl_node_colors.append(%22%231f77b4%22)%20%20%23%20greek%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20in_latin%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gl_node_colors.append(%22%23d62728%22)%20%20%23%20latin%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gl_node_colors.append(%22%237f7f7f%22)%20%20%23%20unknown%0A%0A%20%20%20%20gl_node_trace%20%3D%20go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dgl_node_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dgl_node_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'markers'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3Dgl_node_labels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Btext%7D%3C%2Fb%3E%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(size%3D10%2C%20color%3Dgl_node_colors)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20gl_edge_trace%2C%20gl_node_trace%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(gl_edge_trace%2C%20gl_node_trace%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5Bgl_edge_trace%2C%20gl_node_trace%5D)%0A%20%20%20%20return%20(fig%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Imports%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D5%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Debugging%20data%20values%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(cf_select%2C%20lemma%2C%20lemmacol%2C%20mo%2C%20refversion)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20attention%20%7C%20User-selected%20settings%0A%20%20%20%20In%20text%20**%7Brefversion.value%7D**%2C%20search%20column%20**%7Blemmacol%7D**%20for%20**%7Blemma.value%7D**%2C%20and%20compare%20with%20**%7Bcf_select.value%7D**%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(lemmasortbycount)%3A%0A%20%20%20%20lemmasortbycount%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20debug%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22Show%20dataframes%22)%0A%20%20%20%20debug%0A%20%20%20%20return%20(debug%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Vocab%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(debug%2C%20vocab)%3A%0A%20%20%20%20showvocab%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20debug.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showvocab%20%3D%20vocab%0A%0A%20%20%20%20showvocab%20%20%20%20%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Alignments%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(aligns%2C%20debug)%3A%0A%20%20%20%20showaligns%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20aligns%20is%20not%20None%20and%20debug.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showaligns%20%3D%20aligns%20%23aligns.select(selected_columns)%0A%20%20%20%20showaligns%20%20%20%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Counts%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(debug%2C%20lemmacounts)%3A%0A%20%20%20%20showcounts%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20debug.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showcounts%20%3D%20lemmacounts%0A%20%20%20%20showcounts%20%20%20%20%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Full%20df%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(debug%2C%20df)%3A%0A%20%20%20%20showdf%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20debug.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showdf%20%3D%20df%0A%20%20%20%20showdf%20%20%20%20%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A